De uns tempos para cá o freehub fica emperrando quando a bike fica parada, só desemperra quando lavo a parte do cassete com desengraxante, pra piorar, está fazendo um ruído de metal raspando quando começa a girar sem pedalar.

Vale a pena mandar desmontar, engraxar e trocar as esferas do freehub, se for mesmo esse problema ou é melhor trocar logo os cubos por uns novos?

Andei pesquisando os cubos Shimano TX506 de 32 raios com 6 furos para fixar o disco, esses cubos servem na minha bike, as peças são compatíveis? São muito melhores do que os GTS que estão na minha bike?

Mande abrir e lubrificar o freehub que vai voltar ao normal. E pare de usar desengraxante onde não deve. Você está fazendo exatamente o oposto do que deveria para manter a bike em bom estado,  que é mantê-la lubrificada nas partes móveis.

Quanto ao cubo, o TX506 deve ser melhor que o seu atual mas também é um cubo simples. Se for trocar acho que já vale a pena ir logo num Novatec (importação). De qualquer maneira é possível que precisará trocar os raios por outros com medida diferente.

Eu não costumo lavar o cassete jogando na horizontal, jogo o algoo powersports de cima para baixo, ainda assim está errado? Como faço pra limpar a parte do cassete sem comprometer a lubrificação do freehub?

O maior problema é que esse cassete provavelmente não tem uma boa vedação do freehub. Então a sua melhor opção seria tirar o cassete para limpar.

Outra forma de limpeza é mergulhar a escova no desengraxante e esfregar ao invés de aplicar o líquido diretamente no cassete instalado. Creio que essa seja uma opção melhor no seu caso.